基於RNA定序之免疫組庫分析

RNA-Seq based immune repertoire profiling

日  期: 2024 年  03 月  28 日（星期四） 11:00 ~ 12:00

線上演講 (Microsoft Teams 連結將在演講前一天寄到您的電子郵件地址)

利用體學數據分析探索具有潛力的免疫檢查點抑制劑預測生物標記

Exploring potential predictive biomarkers for immune checkpoint inhibitors with omics data analysis

日  期: 2024 年  03 月  06 日（星期三） 10:00 ~ 11:00

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深度學習於定序數據分析

Deep Learning for Sequencing Data Analysis

日  期: 2023 年 4 月 13 日（星期四）10:30 ~ 11:30

線上演講 (Microsoft Teams 連結將在演講前一天寄到您的電子郵件地址)

內容大綱：

        高通量定序數據的分析對轉譯醫學至關重要，例如外顯子定序數據分析，可以用來尋找造成疾病的基因體的變異，單細胞表現體數據分析，可用於探索不同細胞類型、亞型及其在不同狀態下的調控機制。這些技術可以應用於發育生物學、尋找疾病惡化生物標記、惡化機制等研究，也可以採索基因型對不同的療法的反應，以更好地預測治療的有效性和副作用。

深度學習於生醫影像資料

Deep Learning for Biomedical Image Data

日  期: 2022 年 3 月 29 日（星期二）10:00 ~ 11:00

       由於生物資訊分析內容會因目的、資料類型、數量以及現有可取得數據之不同而有所差異，要如何從巨量的資料中找尋研究的重點，除了一開始｢實驗設計｣的重要性之外，還需要有經歷豐富的生物資訊專家給予建議。因此，建議您一開始從實驗的設計階段，就可以先申請本核心所提供的諮詢服務，讓生資專家從資料分析的角度提供最合適的建議以及最完善的分析規劃、解析您的需求與瓶頸，以及量身打造最合適的｢客製化生物資訊分析｣套裝。以下為本核心生資組的套裝服務範例及細詳服務內容：

特色服務：

臺灣人體生物資料庫全基因型數據處理
From Axiom CEL files to PLINK-compliable files

生醫大數據分析

雖然試算表軟體是因應商業應用而發展的，但在科學上已廣為應用，而「商業智慧」軟體(BI)是另一個適合做科學應用的工具。越早熟悉BI軟體的使用，就能越早利用大數據。面對大數據的分析，需要先利用視覺化分析找到線索後，再找證據驗證想法。所以中研院統計所的陳君厚所長曾說「學習可以做什麼，有助於在資料分析的過程中達到事半功倍的效果」。請跟著我們一起來透過實際操作，體驗如何做「探索式資料分析 (Exploratory Data Analysis)」吧！

本次課程將分成基礎與進階訓練，課程中將會使用全校免費授權使用的 PowerBI 工具。利用其內建的視覺效果及自訂視覺效果群組，讓您可以建立出色的報表。

 (註:全校係指陽明大學人員，非陽明大學人員，則可申請免費試用(60天)進行課程。

國際生物資訊學會議(The International Conference on Bioinformatics, InCoB)是亞太生物資訊網(APBioNet)的年度會議，此會議展示生物資訊領域最新研究和技術。自2002年以來，InCoB吸引了亞太及其他地區的生物學者與資訊背景學者參加。第16屆InCoB將於2017年9月20日至22日在大陸清華大學深圳研究生院盛大舉行，本屆會議主題為｢Big Data and Big Impact in Bioinformatics｣，舉凡會議接受之論文將會收錄於國際期刊上，包含Bioinformatics，BMC Bioinformatics，BMC Genomics，BMC Medical Genomics，BMC Systems Biology和IEEE / ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics（TCBB）。

"The 3rd Taiwan Epigenomics Symposium and International Conference on Systems Biology"

日期: March 17~ 18, 2017

詳細內容請見官網:

您是否曾經想要瞭解手邊的特有物種與其他物種的差異為何，
或是想要知道什麼樣的機制造成它有獨特的生物功能？

陽明大學 系統與合成學研究中心(簡稱陽明系合中心)已累積深厚比較基因體分析經驗，將於1/17舉辦 ｢基因體比較與應用｣演講，本次活動將與您分享我們如何使用適當的工具進行分析，進而準確解讀資料。本次演講不收費，歡迎報名參加，謝謝。

日  期: 2017年1月17日（星期二）中午12:10~13:20
地  點: 陽明大學圖資大樓4樓403室(座位 40 位)

內容大綱：

*  整合Ensembl compara pipeline及各式比對工具的完善解決方案

議  程:
12:00~12:10 報到取餐 (餐點數量有限, 以預先報名者優先領取)
12:10~13:00 基因體比較與應用
13:00~13:20 問題與討論

EMBO “Bioinformatics and genome analyses” course.
5 - 17 June, 2017.
Centre for Research & Technology Hellas (CERTH), Thessa

台灣生物資訊與系統生物學研討會

November 13-14, 2014 
時間: 103年11月13-14日 09:00~17:30 
地點: 國立陽明大學 活動中心第三會議室/圖資大樓401教室

DR.RAW個人化基因體分析流程

     利用生物資訊方法分析新世代定序結果，尋找造成特別表現型的基因體變異(如疾病) 。以尋找脊髓小腦萎縮症(SCA22)致病基因及功能性研究為例。臺灣生物資訊聯盟提供DNA & RNA Re-sequencing Analysis Workflow (DR. RAW)，以國際級的open-source新世代定序分析平台為基礎，和國際一流生醫期刊同步的品管及準確性，根據臺灣定序之品質及深度調整的分析參數，並加入本核心設施獨有之品質管制流程，提供完整品質控管資訊、變異點資訊(含short indels)…等。

【研討會訊息】敬邀參與9/18（四）2014 Si2C SPARK/STB邁向生醫創業之路

【活動訊息】懷念永遠的蘇懷仁博士暨 Si2C成果發表會

講題:

The ecology of the human microbiome in health and disease

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講者簡介:

Eric J. Alm

Karl Van Tassel (1925) Career Development Associate Professor of Civil and Environmental Engineering and Biological Engineering

Associate Member, Broad Institute

課程名稱：新世代定序結果分析 雲端化流程整合平台 DR. RAW 之介紹

（DR. RAW - A cloud-based integrated platform for the quality control and data analysis of NGS (next-generation sequencing) results）

課程時間：2014／5／2（五）16:00 ~ 17:30

講者：黃彥華博士

上課地點:陽明大學圖資大樓4樓402教室(交通方式下載)

課程簡介：介紹「新世代定序結果分析」流程整合平台 DR. RAW

課程講義：下載

課程目標：

課程名稱：新世代序列數據的視覺化分析(如同擁有您私有的NCBI)

課程時間：2014／3／21（五）14：00～16：00

講者：黃彥華博士

上課地點：陽明大學圖資大樓4樓401室(交通方式下載)

課程滿意度調查:請填寫

課程介紹：

       Ensembl為EMBL - EBI及Wellcome  Trust  Sanger  Institute間的合作計畫，目標在於開發一套可以用來產生以及維護基因體註解結果的軟體系統。其中最被廣為利用的就是Ensembl基因體瀏覽器。Ensembl基因體瀏覽器不只可以有系統地整合各種資訊，並可以透過良好的圖形化介面呈現結果。

請踴躍報名參加 「第11屆台灣生物資訊與系統生物學研討會(BIT2013)」

Announcement and Call for Application to the EMBO practical Course on
"Bioinformatics and Genomes Analyses"
( http://events.embo.org/14-comparative-genomics/index.html ) that will take
place in the Hellenic Pasteur Institute, Athens, Greece, 5 -
17 May, 2014.

The main objectives of this Practical Course are to strengthen skills of PhD
students and young researchers in the domain of Bioinformatics and Genome
Data Analyses on the use of advanced fundamental algorithms and their
applications in genome studies.

The course topics will include theoretical and practical aspects in:

臺灣生物資訊聯盟將於2013年8/12~8/16於陽明大學舉辦｢新世代定序數據分析在轉譯醫學上的應用」課程，歡迎有興趣的人員報名參加。以下為本此課程說明:

[目標] 在不久的未來，定序方法將進入第三代，資料處理又將有很大的改變。對生物背景的學者而言，應讓專業的國家級生物資訊核心設施來做處理，而沒有必要學習這些操作。因此本課程強調如何「分析」與「解讀」處理好的數據，找出有意義的變異，並探索這些變異與生命現象間的關係，以應用到各個生物醫學領域。

[特色] 以本校所發表的真實研究成果為範本，編寫實驗課程教材，讓學員深刻體認如何將理想落實到操作。課程中將為學員分組，提供各組新世代定序結果數據，讓其合作分析、討論、解讀數據的意義，探索基因體變異可能和人類疾病之關聯。讓其由做中體會，如何有效的利用新世代高通量技術於轉譯醫學的研究。

本課程將以"可全程參加者"為第一優先錄取順序

課程時間：2013／8／30 下午14：00～17：00
上課地點:陽明大學圖資大樓4樓401室(交通方式下載)
上課文件:下載
報名方式：請填寫下方報名表。
本次課程將介紹兩項工具，分別如下：

工具一：TrioSNP viewer:使用病例及其父母共三人的Trio affymetrix SNP晶片分析人類染色體結構

介 紹：晶片式比較性基因體雜合技術(Array Comparative Genomic Hybridization analysis, array-CGH)，比傳統染色體檢查有更高的解析度，為利用DNA probe偵測檢體與對照組DNA，並比較特定位置的probe DNA有增加(gain)或減少(deletion)的copy number variation (CNV) 現象。目前應用在探討異常基因體變化與疾病的相關性產前基因體檢測技術。

課程介紹:

GenomeDigger提供進階搜尋(Advanced Query)、瀏覽基因體的功能，能夠協助使用者搜尋所定義之特定因體區域，並以此為核心，開發出一套web-based genome browser來整合並呈現基因體資料。有別於一般的genome browser，GenomeDigger所提供之genome browser強化了與使用者的互動性，使用者可自訂基因體資料的呈現方式，例如：指定基因的形狀、顏色、字型等等；另外，數值類型的資料也可以使用長條圖或折線圖的方式呈現。
除此之外，GenomeDigger也整合兩個基本的序列分析軟體，提供使用者於線上使用、並且將結果視覺化呈現在genome browser上，方便使用者獲得初步資料檢視之概況；而這兩個軟體分別是提供序列比對的blastn，以及motif搜尋軟體MOODS，皆為初步序列分析常用之軟體。
本課程為介紹性課程,將針對GenomeDigger所提供之genome browser介面及進階搜尋功能進行介紹。
Genome Digger工具網址: Genome Digger

日期:2013年8月21日~8月23日
地點:南投立德溪頭飯店
會議網址:http://www.summersymposium.url.tw/

生物資訊在生物標記研究上的應用

       諾貝爾獎得主Lee Hartwell籌組生物特徵聯盟(biosignatureconsortium)，就是要透過合作的力量，加速生物標幟的臨床應用。Hartwell引入兩個新的觀念，一個是由組合現有的生物標記成為生物特徵，以增加其預測能力；另一個是引入經濟分析的概念，來挑選效益最高的生物特徵。

        文獻搜尋與分析有助於找到被報導過的生物標記，反應路徑與蛋白質交互作用的分析有助於瞭解生物標記間的關係，進而選擇適當的生物標記做組合測試。因此臺灣生物資訊聯盟(BCT)希望能藉由本課程，協助對研究生物標記有興趣的學者，瞭解如何應用生物資訊的方法，尋找生物特徵。歡迎填寫下方之報名表。

[課程內容]

Mini-Workshop on Brain Aging Systems Biology & Cognition

http://phys.cts.nthu.edu.tw/actnews/?Sn=111